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基于R 4.2.2版本演示

一、写在前面

有不少大佬问做机器学习分类能不能用R语言，不想学Python咯。

答曰：可！用GPT或者Kimi转一下就得了呗。

加上最近也没啥内容写了，就帮各位搬运一下吧。

二、R代码实现SVM分类

（1）导入数据

我习惯用RStudio自带的导入功能：

（2）建立SVM模型（默认参数）

# Load necessary libraries
library(caret)
library(kernlab) 
library(pROC)
library(ggplot2)# Assume 'data' is your dataframe containing the data
# Set seed to ensure reproducibility
set.seed(123)# Split data into training and validation sets (80% training, 20% validation)
trainIndex <- createDataPartition(data$X, p = 0.8, list = FALSE)
trainData <- data[trainIndex, ]
validData <- data[-trainIndex, ]# Train the SVM model
svmModel <- ksvm(X ~ ., data = trainData, type = "C-svc", kernel = "rbfdot", prob.model = TRUE)# Predict on the training and validation sets
trainPredict <- predict(svmModel, trainData, type = "probabilities")[,1] 
validPredict <- predict(svmModel, validData, type = "probabilities")[,1]# Convert predictions to binary using 0.5 as threshold
trainPredictBinary <- ifelse(trainPredict > 0.5, 1, 0)
validPredictBinary <- ifelse(validPredict > 0.5, 1, 0)# Compute ROC objects
trainRoc <- roc(response = as.numeric(trainData$X) - 1, predictor = trainPredict)
validRoc <- roc(response = as.numeric(validData$X) - 1, predictor = validPredict)# Plot ROC curves using ggplot2
trainRocPlot <- ggplot(data = data.frame(fpr = 1 - trainRoc$specificities, tpr = trainRoc$sensitivities), aes(x = fpr, y = tpr)) +geom_line(color = "blue") +geom_area(aes(ifelse(fpr <= 1, fpr, NA)), fill = "blue", alpha = 0.2) +geom_abline(slope = 1, intercept = 0, linetype = "dashed", color = "black") +ggtitle("Training ROC Curve") +xlab("False Positive Rate") +ylab("True Positive Rate") +annotate("text", x = 0.5, y = 0.1, label = paste("Training AUC =", round(auc(trainRoc), 2)), hjust = 0.5, color = "blue")validRocPlot <- ggplot(data = data.frame(fpr = 1 - validRoc$specificities, tpr = validRoc$sensitivities), aes(x = fpr, y = tpr)) +geom_line(color = "red") +geom_area(aes(ifelse(fpr <= 1, fpr, NA)), fill = "red", alpha = 0.2) +geom_abline(slope = 1, intercept = 0, linetype = "dashed", color = "black") +ggtitle("Validation ROC Curve") +xlab("False Positive Rate") +ylab("True Positive Rate") +annotate("text", x = 0.5, y = 0.2, label = paste("Validation AUC =", round(auc(validRoc), 2)), hjust = 0.5, color = "red")# Display plots
print(trainRocPlot)
print(validRocPlot)# Calculate confusion matrices based on 0.5 cutoff for probability
confMatTrain <- table(trainData$X, trainPredict >= 0.5)
confMatValid <- table(validData$X, validPredict >= 0.5)# Function to plot confusion matrix using ggplot2
plot_confusion_matrix <- function(conf_mat, dataset_name) {conf_mat_df <- as.data.frame(as.table(conf_mat))colnames(conf_mat_df) <- c("Actual", "Predicted", "Freq")p <- ggplot(data = conf_mat_df, aes(x = Predicted, y = Actual, fill = Freq)) +geom_tile(color = "white") +geom_text(aes(label = Freq), vjust = 1.5, color = "black", size = 5) +scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue") +labs(title = paste("Confusion Matrix -", dataset_name, "Set"), x = "Predicted Class", y = "Actual Class") +theme_minimal() +theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1), plot.title = element_text(hjust = 0.5))print(p)
}# Now call the function to plot and display the confusion matrices
plot_confusion_matrix(confMatTrain, "Training")
plot_confusion_matrix(confMatValid, "Validation")# 提取混淆矩阵的值，确保它们的命名与你的混淆矩阵布局一致
fp_train <- confMatTrain[1, 1]
tn_train <- confMatTrain[1, 2]
tp_train <- confMatTrain[2, 1]
fn_train <- confMatTrain[2, 2]fp_valid <- confMatValid[1, 1]
tn_valid <- confMatValid[1, 2]
tp_valid <- confMatValid[2, 1]
fn_valid <- confMatValid[2, 2]# 训练集指标
acc_train <- (tp_train + tn_train) / sum(confMatTrain)
error_rate_train <- 1 - acc_train
sen_train <- tp_train / (tp_train + fn_train)  # 灵敏度
sep_train <- tn_train / (tn_train + fp_train)  # 特异度
precision_train <- tp_train / (tp_train + fp_train)  # 精确度
F1_train <- 2 * (precision_train * sen_train) / (precision_train + sen_train)
MCC_train <- (tp_train * tn_train - fp_train * fn_train) / sqrt((tp_train + fp_train) * (tp_train + fn_train) * (tn_train + fp_train) * (tn_train + fn_train))
auc_train <- roc(response = trainData$X, predictor = trainPredict)$auc# 验证集指标
acc_valid <- (tp_valid + tn_valid) / sum(confMatValid)
error_rate_valid <- 1 - acc_valid
sen_valid <- tp_valid / (tp_valid + fn_valid)  # 灵敏度
sep_valid <- tn_valid / (tn_valid + fp_valid)  # 特异度
precision_valid <- tp_valid / (tp_valid + fp_valid)  # 精确度
F1_valid <- 2 * (precision_valid * sen_valid) / (precision_valid + sen_valid)
MCC_valid <- (tp_valid * tn_valid - fp_valid * fn_valid) / sqrt((tp_valid + fp_valid) * (tp_valid + fn_valid) * (tn_valid + fp_valid) * (tn_valid + fn_valid))
auc_valid <- roc(response = validData$X, predictor = validPredict)$auc# Print Metrics
cat("Training Metrics\n")
cat("Accuracy:", acc_train, "\n")
cat("Error Rate:", error_rate_train, "\n")
cat("Sensitivity:", sen_train, "\n")
cat("Specificity:", sep_train, "\n")
cat("Precision:", precision_train, "\n")
cat("F1 Score:", F1_train, "\n")
cat("MCC:", MCC_train, "\n")
cat("AUC:", auc_train, "\n\n")cat("Validation Metrics\n")
cat("Accuracy:", acc_valid, "\n")
cat("Error Rate:", error_rate_valid, "\n")
cat("Sensitivity:", sen_valid, "\n")
cat("Specificity:", sep_valid, "\n")
cat("Precision:", precision_valid, "\n")
cat("F1 Score:", F1_valid, "\n")
cat("MCC:", MCC_valid, "\n")
cat("AUC:", auc_valid, "\n")

结果输出（随便挑的）：

效果一般般。

三、SVM调参

ksvm 函数是 kernlab 包中的一个函数，用于在 R 语言中构建和训练支持向量机（SVM）模型。以下是 ksvm 的一些主要参数和选项，这些参数允许你定制和优化SVM的训练过程：

formula：一种符号描述的模型公式，指示如何将变量应用到分析中。

data：包含数据的数据框（data frame）。

type：模型类型，包括：

"C-svc"：C-支持向量分类。

"nu-svc"：Nu-支持向量分类。

"C-bsvc"：不平衡分类。

"spoc-svc"：结构化输出和输出校正。

"kbb-svc"：基于核的二进制分类。

"C-svr"：C-支持向量回归。

"nu-svr"：Nu-支持向量回归。

"eps-svr"：ε-支持向量回归。

"C-bsvr"：不平衡回归。

"lp"：线性规划。

kernel：核函数类型，包括：

"rbfdot"：径向基函数核。

"polydot"：多项式核。

"vanilladot"：线性核。

"tanhdot"：双曲正切核。

"laplacedot"：拉普拉斯核。

"besseldot"：贝塞尔核。

"anovadot"：ANOVA核。

"splinedot"：样条核。

C：错误的成本，用于C-支持向量分类和回归，较大的值表示对错误的惩罚增加。一般从 0.1 到 1000，具体取值可以通过交叉验证来确定。常用的实验值包括 1, 10, 100 等。

sigma（用于 RBF 核）：高斯核的宽度参数。sigma 的理想取值高度依赖于数据的分布和特征的尺度（即特征的范围或方差）。因此，没有固定的“最佳”取值范围，而是需要根据具体情况来确定。常见的做法包括：

基于数据的启发式方法：一个常见的启发式方法是将 sigma 设置为特征空间中点到点距离的中值或平均值的函数。另一种方法是将 sigma 设置为特征标准差的倒数。

试错法（Trial and Error）：在实际应用中，可以通过试验一系列的 sigma 值来观察模型性能的变化。例如，可以在对数尺度上均匀尝试，如 0.01, 0.1, 1, 10 等。

degree：多项式核函数的度数。

scale：核函数的缩放参数。

offset：核函数的偏移量。

prob.model：是否计算概率估计，适用于分类任务。

cross：进行交叉验证的次数，用于模型选择和参数优化。

na.action：缺失数据的处理策略。

shrinking：是否使用启发式方法来加速计算。

tol：收敛容忍度，用于优化算法。

epsilon(用于 SVR)：ε-支持向量回归中的损失函数边缘宽度。

fitted：是否返回拟合值。

scaled：是否对数据进行标准化处理。

feature.out：是否输出模型中使用的特征。

大家自个调吧，我不调了。

五、最后

至于怎么安装，自学了哈。

数据嘛：

链接：https://pan.baidu.com/s/1rEf6JZyzA1ia5exoq5OF7g?pwd=x8xm

提取码：x8xm