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8. 基本知识的讨论

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

 8.1.通用基础知识

8.1.1.重新启动模拟 

8.1.2.可视化 LAMMPS 快照

8.1.3.从一个输入脚本运行多个模拟

8.1.4.多副本模拟 

8.1.5. LAMMPS 的库接口

8.1.6. LAMMPS 与其他代码耦合

8.1.7.LAMMPS 与 MDI 库代码耦合 

8.1.8. 键的断裂

通常，分子键相互作用在 LAMMPS 模拟期间持续存在。但是，某些命令会动态断开键，包括以下命令：

• bond_style quartic

• fix bond/break

• fix bond/react

• BPM package bond styles

如果键被拉伸超过用户定义的阈值或更一般地如果满足其他标准，则键可能会断裂。

对于四次键类型，当键断裂时，其键类型设置为 0 以有效地断裂它，并且断裂键中两个原子之间的成对力被“打开”。使用 bond_style 四次函数时，无法为系统定义角度、二面角等。

同样，BPM 包中的键样式也与角度、二面角等不兼容，并且当键断裂时，其类型设置为零。然而，在 BPM 软件包中，人们可以关闭键合粒子之间的所有配对相互作用，也可以保留它们，将配对力叠加在键合力之上。为了消除对力，特殊键列表会动态更新。更多详细信息可以在 Howto BPM 页面上找到。

fix bond/break 核 fix bond/react 命令允许断裂分子拓扑内的键，还可以定义角度、二面角等。这些命令更新内部拓扑数据结构以删除断裂的键，以及适当的角度、二面角、等相互作用，其中包括键。当这种情况发生时，它们还会触发邻居列表的重建，以打开适当的成对力量。

请注意，当通过 dump local 命令将bonds转储到文件时，不包括类型 0 的bonds。

delete_bonds 命令可用于查询 type = 0 的断裂键的状态或永久删除它们，例如：

delete_bonds all stats
delete_bonds all bond 0 remove

计算计 count/type 命令统计每个键（角度等）类型的当前键（或角度等）数量。它还统计 type = 0 的断裂键。

compute nbond/atom 命令统计每个原子所属的当前键数，不包括 type = 0 的断裂键。